深圳市增加土地容积率需要补交的费用是根据《深圳市土地利用与建设用地容积率管理暂行办法》和相关政策规定来确定的。具体费用的计算方式如下：

1. 增容收费标准：深圳市根据不同地区和用途设置了不同的增容收费标准，一般以每增加一平方米建筑面积的增容费用为基准。具体收费标准由深圳市规划和自然资源局根据市场需求和土地资源供应情况进行定期调整。

2. 计算增容费用：根据规划设计的建筑面积和增容率要求，可以计算出需要增加的建筑面积。然后将建筑面积乘以增容费用标准，即可得到具体的增容费用。

3. 支付方式：增容费用可以一次性支付，也可以分期支付。分期支付一般根据项目进度和合同约定，按照不同阶段支付相应的比例。

需要注意的是，深圳市的土地增容费用是根据市场需求和土地资源供应情况进行定期调整的，所以具体的费用标准可能会有所变动。为了获取最准确的费用信息，建议与相关部门（如深圳市规划和自然资源局）进行咨询或查询最新的政策文件。